南京审计大学工会成立于1983年，现有会员1630人，分工会38个，组织机构健全，岗位职责明确。设有教代会执行委员会、教代会工作委员会、工会委员会、工会经费审查委员会、女工委员会、人事（劳动）争议调解委员会。目前工会有专职工会干部3人，工会干事2人，兼职工会干部38人。
校工会依法依规开展民主选举工作，每年定期召开教职工代表大会和工会会员代表大会（“两代会”）。定期召开各级工作会议，协调各委员会工作；代表和组织教职工依法依规，通过“两代会”及其他形式，积极参与各个建设时期学校民主管理和民主监督，并检查和督促“两代会”决议的执行，审议通过年度校长工作报告及年度预算执行情况，疏通民主管理的渠道。 南京审计大学工会自成立以来，在校党委和上级工会的正确领导下，紧紧围绕学校的中心工作，积极履行工会的各项职能，在推进全心全意依靠教职工办学、坚持和完善教代会制度、推进校务公开、加强学校民主管理、民主监督和民主决策等方面，做了大量有效的工作，取得了可喜的成绩。